農民長期不合理的施肥習慣和種植習慣導致土壤問題層出不窮。長江以南的土壤，由于作物單一種植時間長，復種指數高，土壤酸化嚴重；北方瓜果蔬菜等經作區，作物連作種植嚴重，導致土壤板結酸化；復種指數高再加上化肥的大量使用，同時導致了東北黑土有機質大幅度下降；此外，華北耕層變淺，西北耕地鹽漬化問題也非常嚴重。
近年來，隨著人們環保理念的提高，對于污水處理越來越重視。然而，很多處理廠對于污水處理后的污泥不夠重視，導致大量的污泥在沒有得到處理以后就進行排放，會造成農田以及水體的污染。城鎮污水廠應重視污泥處理工作，要將污泥處理和污水處理放在同一位置上，防止出現污泥在沒有進過處理以后就進行排放，造成農田、水體的二次污染。
污水中耗氧有機物（易生化）主要有腐植酸、蛋白質、酯類、糖類、氨基酸等有機化合物這些物質以懸浮或溶解狀態存在于廢水中在微生物的作用下可以分解為簡單的CO2等無機物這些有機物在天然水體中分解時需要消耗水中的溶解氧因而稱為耗氧有機物。
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